Migracijos departamentas analizuoja migracijos srautų pokyčius, numato kylančias migracijos procesų valdymo problemas, organizuoja gautos informacijos apie galimus užsieniečių teisinės padėties Lietuvos Respublikoje nuostatų pažeidimus patikrinimą, analizuoja nelegalios migracijos priežastis, galimus piktnaudžiavimo užsieniečių teisinės padėties procedūromis atvejus.
Migracijos departamentas priima sprendimus dėl neteisėtai Lietuvos Respublikoje esančių užsieniečių grąžinimo į užsienio valstybę ar išsiuntimo iš Lietuvos Respublikos, sudaro ir tvarko užsieniečių, kuriems draudžiama atvykti į Lietuvos Respubliką, nacionalinį sąrašą.